A história gira em torno de um homem chamado Train Heartnet, que saiu de um grupo de elite de assassinos chamado Toki no Bannin para se tornar um Sweeper(Caçador de Recompensas). Nesse mundo há uma organização secreta, Chronos, que controla um terço do mundo através do submundo, controlando todo tipo de actividades. Para manter o equilíbrio do mundo, Chronos é essencial, e por isso é preciso de pessoas que a protejam. Além das pessoas normais, há uma elite especial de assassinos com armas feitas de Orichalco, conhecidas como Chrono Numbers. Chrono Numbers tem seus números gravados no corpo do usuário e na arma. Existem 12 Chrono Numbers, mas, quando Train Heartnet, um atirador de elite, decide se juntar a Chronos e suas causas, o número XIII é encontrado. Ninguém que foi alvo de Train, conhecido como Black Cat, por trazer má sorte, e seus rápidos movimentos e ataques, conseguiu sobreviver. O nome Black Cat se tornou o nome mais temido entre os assassinos. Devido ao trauma de infância de Train, seu único objetivo é ser o melhor. Porém, aconteceu algo inesperado, que causou a sua derrota: o seu próximo alvo estava carregando uma criança no colo. A fração de segundo que ele perdeu pensando sobre isso lhe cusou muitos ferimentos sérios. Ele foi levado para casa e tratado por Minatsuki Saya, que também era uma sweeper. Através de seu contato com Saya, Train mudou drasticamente, uma mudança que o fez abandonar a Chronos. Mas um homem que o admirava obsessivamente, Creed Diskenth, que não aceitou o fato de um assassino de elite ter mudado. Creed tentou matar Saya quando Train não estava por perto, mas Train chegou a ver a cena, porém não conseguiu pegar Creed. Dois anos depois, Train vira um sweeper, viajando com seu parceiro Sven Vollfied. Suas vidas como sweeper estão para serem mudadas quando um amigo do passado volta a aparecer.
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